Der Raum des mittleren Burgenlandes war schon in frühgeschichtlicher Zeit besiedelt. Eine Hochblüte hatte unsere Region bereits in der mittleren Eisenzeit (rund 200 vor Christi) erlebt, als die damals hier ansässigen Kelten eine rege Eisenverhüttung betrieben. 

Kurz nach Christi Geburt hatten die Römer die Provinz Pannonien errichtet, der auch unser Raum zugehörig war. Nach dem Ende der römischen Herrschaft (4.Jhdt.) wurde unser Gebiet in der Zeit der großen Völkerwanderung von verschiedenen Völkerschaften durchstreift und zum Teil auch besiedelt. Den Germanenstämmen folgten Awaren und Slawen nach. 

Unter Karl dem Großen wurde um 800 n.Chr. die von ihm neu errichtete Ostmark mit bayrischen und fränkischen Kolonisten besiedelt, nachdem die Awarenherrschaft in unserem Raum gebrochen worden war. Ende des 9.Jhdts. drangen die Magyaren, ein wildes Reitervolk aus dem Osten, raubend und plündernd in unser Gebiet vor. Etwa ab dem 10.Jhdt. begann sich ein ungarischer Staat zu formieren, nachdem die wilden Horden begonnen hatten, allmählich sesshaft zu werden. 

Aus dem Mittelalter sind für unser Ortsgebiet keinerlei Quellen überliefert. Sollte damals bereits eine Ansiedlung bestanden haben, war sie mit großer Wahrscheinlichkeit der seit dem 12. Jhdt. bestehenden Herrschaft Landsee angegliedert. 

Erstmals urkundlich genannt wurde Kaisersdorf im Jahr 1570. Der Name geht höchstwahrscheinlich auf den ehemaligen Grundherrn Nikolaus Császár (= Kaiser) zurück, dem 1562 der Besitz Landsee übergeben worden war. Der ungarische Name des Ortes lautete damals "Császárfalva". In dieser Urkunde, einem Steuerverzeichnis des Komitates Ödenburg, wird unser Ort als "noviter plantata" (=neu errichtet) erwähnt. Dies ließe die Vermutung zu, dass bereits früher eine Ansiedlung bestanden haben könnte, die in den Wirrnissen des Mittelalters zugrunde gegangen war. Ein Jahr nach der Nennung in den Steuerakten mussten die Kaisersdorfer zum ersten Mal Steuern zahlen. Nachdem es im damaligen Westungarn üblich war, neuen Siedlern 6 bis 12 Jahre Steuern und Robot zu erlassen, kann die Ortsgründung mit den Jahren 1558 oder 1563 angenommen werden. 

Die Besiedlung des Dorfes dürfte aufgrund der Türkenkriege des 16. Jhdts. erfolgt sein. Damals lösten die vom Balkan her vordringenden Türken eine Fluchtwelle vieler bedrohter Kroaten aus ihrer Heimat aus. In vier Fluchtwellen von 1521-1561 hatten sich Kroaten mit der Genehmigung der jeweiligen Grundherren in den westungarischen Komitaten angesiedelt. Kaisersdorf bildet zusammen mit Weingraben noch heute eine kroatische Sprachinsel im westlichen Teil des Bezirkes Oberpullendorf. 

1640 schien der Ort in einem Dokument erstmalig in deutscher Sprache als "Kayzersdorff" auf. Der kroatische Name "Kalistrof" dürfte eine Umlautung oder Umformung des deutschen Namens aus dieser Zeit sein. 

Für beide Gemeinden, Kaisersdorf und Weingraben, lässt sich im ausgehenden 16.Jhdt. Weinbau nachweisen, aber auch die Wälder fanden wirtschaftliche Nutzung. In den ausgedehnten Gemeindewäldern wurde billiges Bau- und Nutzholz geschlägert, mit dessen Überschuss Handel in die waldarmen Gebiete des pannonischen Tieflandes getrieben werden konnte. Aus dem Jahre 1672 wissen wir von einer Beschwerde, dass die Kaisersdorfer und Weingrabner auf dem Ödenburger Markt Holzhandel betrieben, ohne dafür Maut zu bezahlen.

Die Pfarre Kaisersdorf wurde im 16.Jhdt. gegründet und umfasste neben Kaisersdorf auch die Orte Landsee und Weingraben.

Ab 1612 gelangt die Herrschaft Landsee- und damit auch Kaisersdorf - durch Heirat an die Familie Esterhazy, die sie dann bis zur Aufhebung der Grundherrschaft 1848 in ihrem Besitz hatte. Bereits um das Jahr 1647 muss eine Schule bestanden haben, die auch von Kindern aus Weingraben besucht wurde . 

Im 18.Jhdt. blieb Kaisersdorf infolge seiner Lage weitgehend von kriegerischen Ereignissen (z.B. Kuruzzenkriegen) verschont. Einen wichtigen Wirtschaftszweig stellte damals der Viehhandel dar. Aus mehreren Aufzeichnungen geht ein reger illegaler Viehtrieb nach (Nieder-)Österreich hervor. 1769 erschien der Name Kaisersdorf erstmals auf einer Landkarte . 

Während der napoleonischen Besatzung von 1809 hatten die Bewohner von Kaisersdorf - obgleich von kriegerischen Ereignissen verschont geblieben - schwere finanzielle Lasten zu tragen. Im Jahre 1831 vernichtete ein Brand etwa ein Drittel von Kaisersdorf und im darauffolgenden Jahr forderte die Cholera ihre Opfer unter den Bewohnern. Nach der Bauernbefreiung von 1848 galten die Kaisersdorfer und Weingrabener als bekannte Schweinehändler auf den Märkten der Habsburger Monarchie bis nach Böhmen, nach Slowenien und weit nach Ungarn hinein. Der Großteil der Bevölkerung lebte von der Landwirtschaft . 

Allerdings pendelten viele Handwerker, meist Bauarbeiter, schon damals ins "Österreichische" hinein. Die kleinräumige Besitzstruktur und weitere Erbteilungen der Bauernwirtschaften bedingten in der Folge eine Abwanderung in andere Berufe und ließen immer mehr Beschäftigte zu Pendlern werden . 

Nach dem ersten Weltkrieg(1914-1918) , der unter den Kaisersdorfern ebenfalls seine Opfer forderte, fiel die Erwerbsmöglichkeit durch den Viehhandel in die ehemaligen Kronländer weg. In dieser wirtschaftlich schlechten Zeit wurde auch Kaisersdorf von der Auwanderungswelle nach Übersee erfasst. Neben Amerika war vor allem Uruguay Ziel einiger Emigranten . 

Bis zum Anschluß des Burgenlandes an Österreich (1921) waren die Schulkinder in allen drei Landessprachen - Deutsch, Kroatisch, Ungarisch - unterrichtet worden. 

Seit 1934 hat sich die Einwohnerzahl von Kaisersdorf fast halbiert. Ab diesem Zeitpunkt verlor die Gemeinde auch ihre kroatische Bevölkerungsmehrheit .